EMRのマスターノードにSSHでログインする
EMRのマスターノードは、 EC2のインスタンスの画面でセキュリティグループがElasticMapReduce-MasterのようにMasterがついているものがマスターノードです
セキュリティグループのインバウンドにSSHポートを開放しておいてください
アプリケーションIDを調べる
yarn application -list
で、RUNNINGとなっているアプリケーションのIDを控える
アプリケーションをキルする
yarn application -kill アプリケーションID
で終了することができます